La piccola chiesa semidiruta in stile gotico di S. Giuda Taddeo e Sant’Onofrio nacque come luogo di culto dedicata originariamente a S. Onofrio e si hanno prime notizie in un atto redatto nel 1509 dal notaio Francesco Pesce con il quale dichiara che i Procuratori della Santa Casa dell'Annunziata, proprietaria dell'edificio, concedono la rettoria (con stanza e giardino) al sacerdote Giovanni de Abaste.
Nel 1525 il cardinale De Vio la riunì alla chiesa dell'Annunziata. Nel corso dei secoli fu danneggiata nei vari assedi per la sua posizione fortemente esposta ai tiri. Rovinata e ridotta allo stato di abbandono, fu completamente restaurata da Ferdinando II nel 1853, dedicandola a S. Giuda Taddeo. I lavori di riadattamento sono stati diretti sicuramente da Giacomo Guarinelli, ufficiale del Genio Borbonico, che in quegli anni attendeva alla ricostruzione della monumentale chiesa di S. Francesco, poco lontana, ed ai principali lavori di potenziamento della fortezza. Il suo interno è privo degli altari fatti porre in numero di tre da re Ferdinando II nel 1853. Sono visibili tuttora i rivestimenti neogotici con membrature trilobate ad arco acuto.