Le origini del nome di Gaeta (in latino: Caieta, in greco Kaièta, Καιέτα, in albanese: Kajeta, ka jeta) sono tuttora avvolte nella leggenda:
Strabone indicò la sua provenienza dal termine Gaetas usato dai pescatori laconi per indicare il sito, con chiaro riferimento all'ampia insenatura del suo golfo; altri dicono invece che il sito ed il golfo abbiano ricevuto lo stesso nome della nutrice di Enea;
Diodoro Siculo collegò queste terre al mito degli Argonauti facendo derivare il nome della città da Aietes, mitico padre di Medea (figlia di Circe), la maga innamorata di Giasone.
Virgilio, nell'Eneide trovò la sua origine nel nome della nutrice di Enea, Caieta, sepolta dall'eroe troiano in quel sito durante il suo viaggio verso le coste laziali. Dante Alighieri, quasi a significare la storicità dell'Eneide, confermò l'avvenimento.
Altre fonti prendono il nome di Gaeta da Aiete, figlio del dio sole Elio, il cui soprannome è "L'Aquila"; egli sarebbe il fratello della nota Maga Circe. Questo appellativo le sarebbe stato dato per l' insolita struttura geografica della città che ricorda appunto la testa di questo famoso rapace.