La prima notizia di questa Chiesa risale al 1135. Dedicata a S. Tommaso Apostolo, aveva il privilegio del parroco mitrato ed era una delle quattro parrocchie più antiche della città. Nel 1806 vi si trasferì la Confraternita del Rosario, nata nel Monastero di S. Domenico. La chiesa venne ristrutturata ed ampliata, il pavimento, rifatto, è quello che ancora si può ammirare. La Confraternita vi trasferì anche altare maggiore del 1738 e la balaustra con gli stemmi dell’ordine domenicano del 1726, entrambi di scuola napoletana. La pala che domina l’altare è del concittadino Sebastiano Conca (1680 – 1764), realizzato nel 1737: raffigura la Vergine SS. nell’atto di consegnare il S. Rosario al Gran Patriarca S. Domenico e a S. Caterina. Ai lati del dipinto vi sono tre tavole dei Misteri del Rosario del pittore Filippo Conca realizzate nel 1818.
Ai lati dell’altare troviamo una tavola del 1500 di autore ignoto, che rappresenta S. Tommaso d’Aquino e la statua della Madonna del Rosario in legno vestita. La prima notizia di questa statua è del 1700 quando, per l’Anno Santo, i Confratelli vestiti di sacco, la portarono a Roma, ove furono accolti dai Padri Domenicani. La tradizione vuole che durante il ciclo di preparazione alla festa nella prima domenica di ottobre, per la meditazione dei Misteri Dolorosi, la statua indossi un vestito rosso riccamente ricamato in argento. Chiude la parte presbiterale della Chiesa una lampada in argento, dono di S.A.R. Tommaso di Savoia, Duca di Genova, nell’ottobre 1905.
Gli altari laterali, uno è dedicato al SS. Crocifisso, donato nel 1824 da S. Gaspare del Bufalo, che trovandosi a Gaeta per una missione, partendo dalla Cattedrale volle portare in processione questo Crocifisso di cui si serviva per la predicazione. Ai lati vi troviamo: la statua di S. Caterina da Siena del 1925, in legno vestita, fatta realizzare da Lucia De Santis, moglie del Priore Ernesto Esposito. Dal lato opposto troviamo un presepe in stile settecentesco, realizzato e donato dalla sig. Franca Console nel 2015. L’altro altare è dedicato a S. Tommaso D’Aquino, anche se vi troviamo la statua di S. Domenico di Guzman del 1859, in legno vestita dono dal Priore Luigi Palombo. Poco vicino possiamo ammirare un quadro di Sebastiano Conca, olio su tela, che rappresenta la “Trinità in Gloria tra Angeli e Santi”, donato dal sig. Antonio Mastrolia il 7 ottobre 2016. Ai lati dell’ingresso troviamo due tele, una dell’artista B. Mancino datato 1733 che raffigura “l’Assunzione della Vergine”, l’altra di autore ignoto del XVIII secolo, rappresenta la “Madonna del Rosario”. Vi sono inoltre una statua di S. Antonio del 1921, dono del Priore Nicola Ricciardi e una statua del Gesù dono della famiglia Perez, che venne fatta restaurare nel 1833 dal Priore Paolo M. Gattola. Sulla facciata vi è una piccola scultura settecentesca raffigurante la Madonna col Bambino, appena più in alto vi erge un piccolo campanile a vela con due campane bronzee.
La Confraternita Del SS. Rosario nata il 1° ottobre 1622 ancora è custode di questi tesori, storia e vanto della nostra città e continua a diffondere la pratica del S. Rosario ed il culto alla Vergine Maria, come scritto nelle antiche regole. Poco distante dalla Chiesa del Rosario vi è la “Terra Santa di S. Domenico”, Cappella funeraria del 1747, ove la Confraternita aveva le proprie sepolture, un luogo che oggi invita alla meditazione ed alla preghiera.