Dal 1799 inizia, per Gaeta un periodo di decadenza artistica. Il re Ferdinando IV fu costretto ad espropriare numerosi beni ecclesiastici per finanziare le spese di guerra.A questo si unirono gli invasori che saccheggiarono la città, deprendandola delle opere d’arte, confiscarono statue. Il volto della città era cambiato, si trasformò in città militare e non riprese mai la precedente vitalità che aveva portato Gaeta nell' età d’oro.Durante i moti rivoluzionari e le guerre di indipendenza, Gaeta, all’epoca sotto il regno dei Borboni, fu considerta un rifugio sicuro. Durante i moti del ‘48, il 25 novembre 1848, il papa Pio IX si rifugiò a Gaeta, ospite dei Borbone, in seguito alla proclamazione della Repubblica Romana ad opera di Giuseppe Mazzini, e vi rimase fino al 4 settembre 1849, periodo durante il quale Gaeta assunse la denominazione di "Secondo Stato della Chiesa".Fu proprio durante questo soggiorno che papa Pio IX fu spesso in preghiera presso la Cappella d'Oro, ebbe l'intuizione dell'Immacolata Concezione e, ne proclamò il Dogma al suo ritorno a Roma. In quegli anni, il re Ferdinando II inviò a Gaeta artisti di fiducia, come Travaglini e Guarinelli.Grazie alla loro presenza e opere di restauro ci sono giunte le chiese di S.Francesco, S.Caterina, S.Maria della Sorresca, SS.Addolorata, le cappelle dell’Ulivo e del Rosario.Per adornare queste chiese il re fece pervenire sculture, cornici, paliotti dalle Reali collezioni della reggia di Capodimonte. Dopo l’unità d’Italia e quindi l’assedio Gaetano del 1860-’61, l’ultima roccaforte borbonica, tramontò il regno del sud.Gaeta cadde in una lunga fase di decadenza e abbandono.