Alla decadenza dell'Impero Romano, Gaeta attraversò un periodo buio caratterizzato da continui saccheggi ad opera delle popolazioni barbariche e in seguito dai Saraceni.
Proprio per la sua caratteristica posizione e conformazione Gaeta fu poi fortificata con cinta murarie che ne difendessero le coste e sulle pendici di Monte Orlando venne eretto il castello.
Il "patrimonium cajetanum" era un lembo di terra che andava da Terracina al Garigliano, apparteneva politicamente a Bisanzio, geograficamente alla curia romana, che in pratica ne esercitava la podestà. Capo indiscusso era l’Episcopus, nelle sue mani era accentrato tutto il potere sociale, politico e amministrativo.
Il pericolo dei saraceni comportò una modifica del piano urbanistico della civica: strade rare e tortuose, per esigenze di spazio furono create numerose e ripide scalinate lungo il monte, le case si susseguivano l’una sopra l’altra, con una serie di cavalcavia e sottopassaggi. Ridimensionato il pericolo dei saraceni, l’economia e i commerci tornarono a decollare.
Nell’851 ripresero le ostilità con la curia Romana e il potere del ducato passò nelle mani della classe militare, al cui vertice stava l’Ipata o Duca.
L’Ipata, che corrisponde al latino consul, aveva il potere amministrativo, giuridico e militare.
La fonte principale per la storia di Gaeta durante il suo periodo ducale è il Codex diplomaticus cajetanus, una raccolta di documenti ufficiali.
Nel periodo che va dall'839 al 1140 Gaeta può essere considerata una Repubblica Marinara, in quanto si governava in base a proprie leggi, le sue navi percorrevano il Mediterraneo, la nave militare gaetana era il Dromone, difese la sua libertà durante numerosi assedi e batteva una sua moneta.
La dinastia dei Docibili si impegnò per far progredire Gaeta mediante opere e alleanze. Essi si fregiarono di un imponente palazzo e accrebbero il prestigio e la ricchezza della città.
I Docibili resero Gaeta indipendente da Napoli.La fine della repubblica marinara fu causata dalla dominazione Normanna. L’esperienza del ducato terminò nel 1140 quando Gaeta fu conquistata dal Re Ruggero II d’Altavilla